食品科学与工程重点实验室2001年被省教育厅确定为黑龙江省普通高校重点实验室，2005年通过省教育厅高等学校重点实验室验收，2006年正式开放运行。实验室根据黑龙江省社会经济及国内食品行业发展的需求，围绕黑龙江省粮食等大宗农产食物资源，在食品化学与粮油食品加工、微生物发酵与生物催化转化、农产品化学与综合利用3个主导方向开展应用基础及前期产业化研究，形成了自身的特色和优势。近年来，实验室承担了国家高技术发展计划(863)项目、国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目、教育部新世纪优秀人才计划支持项、省“十一五”重大攻关项目等100多项国家及省部级课题，获得省部级科技奖10余项，发表学术论文被SCI、EI等收录128篇，出版学术专著9部 ，获得国家专利20个。已成为在国内食品科学领域具有重要影响、能为黑龙江省乃至国家高新技术研究和相关产业技术进步做出重要贡献的重点实验室。